Atatürk’ün idama mahkum edilme süreci milli mücadelenin hangi zor şartlar altında gerçekleştiğinin göstergelerinden birisidir. Milli mücadele sürecinin başlamış olduğu dönemde, 4. Damat Ferit Hükümeti mücadeleye karşı büyük bir iç savaşa adım atmıştır. Bu iç savaşın başlangıcı ise İstanbul Hükümeti’nin Kuvayı Milliyecilere karşı yayınladığı fetva ve söylemler ile artmıştı. Bu hükümet, tüm direnen Milli Mücadele savunucularının katledilmesine imkan sağlayan bir fetvayı imzalayarak yayınladı. Damat Ferit paşa, devamlı olarak Milli Mücadele savunucularına karşı çirkin söylemde bulunmaktaydı.
Onları isyancılar, dinsizler, milliyetsizler gibi sıfatlarla atfetmekteydi. Milli Mücadele savunucularına karşı savaş ise Damat Ferit Paşa’nın Ahmet Anzavur’u paşa yapması ile başladı. Ahmet Anzavur, Balıkesir Mutasarrıflığına atanmıştı ve asıl görevi ise Kuvayı Milliye görevlileri ile savaş başlatmaktı. Birçok defa savaş girişiminde bulunsa da başarısız olmuştu. Hatta, Adapazarı’nda savaş başlatan Ahmet Anzavur yenildi ve geri çekilmek zorunda kalmıştı.
Resmi savaş girişimlerinden sonra ise İstanbul Hükümeti, Anzavur Kuvvetleri ile birlikte Kuvayı İnzibatiye adı verilen bir ordu kurarak, Milli Mücadeleyi bitirmek ve Kuvayı Milliyecileri cezalandırarak idam etmek istemekteydi. Bu ordu, Vahdettin emri ile çalışan ve emri ile kurulmuş olan bir ordu idi. Paralı bir düzenek ile oluşturulmuş olan bu ordu, ilk saldırısını da 1920 yılında gerçekleştirmişti. İzmit’te yer alan Kuvayı Milliye mensuplarına saldırıda bulunan Kuvayı İnzibatiye ordusu yenilmişti. Yenilginin ardından ise dağılmak zorunda kaldılar. Milli Mücadeleyi bitirmek için İstanbul Hükümetinin denediği yöntemlerden bir tanesi de Umumilik kurmaktı. 1920 senesinde Anadolu Fevkalade adı verilen bir Müfettiş Umumiliği kurdurmuştu.
Bu umumilik ile birlikte Milli Mücadele mensuplarına karşı farklı bir savaş yöntemi geliştirilmişti. Aktif savaş girişimlerinde yenilgi alan İstanbul Hükümeti, Kuvayı Milliye’nin gücünü daha iyi kavradıktan sonra devamlı olarak idam fetvaları ile halk geri çekilmek için baskılarda bulunuldu. 1918 yılı itibari ile tüm bu girişimlere karşın olağanüstü bir askeri mahkeme kurulmuştur. Bu mahkemenin ana amacı tehcir suçları olsa da aslında tamamen yalan ve iftiralar ile birlikte insanları idama mahkum etmekti.
Bu mahkeme, özellikle suçsuz olduğu bilinen Boğazlıyan Kaymakamı olan Kemal Bey’i suçlu olarak görerek idam etmişti. Hafızalardan silinmeyen ve oldukça düzmece bir dava ile idam edilen Kemal Bey’in idamı ile amaç işgal güçlerine yaranmaktan başka bir şey değildi. Bu davalarda birebir müdahili olan Vahdettin ve Damat Ferit Paşa Hükümeti, mahkemenin başına ise Nemrut Mustafa Paşa’yı getirmiştir.
Burada Anzavur kuvvetleri ile de birleşerek bir direnç oluşturmaya çalışmıştı. Üstelik, Türklere karşı olan söylemleri ile bilinen Nemrut Mustafa Paşa, tüm bu söylemlerine karşı da aklanmıştı. Mahkemenin başına geldikten sonra da birçok suçsuz insanı idam etmiştir. Bu kararları ile nefret toplayan Mustafa Paşa, yargılandı ve bu defasında ise kısa süreli hapis cezası alsa da Vahdettin bu kararı reddetmişti. Vahdettin, Nemrut Paşa’yı koruyarak tüm bu suçlara karşı affını sağladı. Kurulmuş olan bu olağanüstü mahkeme, başlangıçta sadece tehcir davasına bakarken artık ülkenin güvenliğini tehdit etme imkanı olabilecek her suça bakma ve yargılanma hakkına sahip olmuştu. Üstelik, herhangi bir şekilde temyiz imkanı da yoktu. Kapalı bir yargılama gerçekleştiren olağanüstü mahkemede herhangi bir avukat hakkı da tanınmamaktaydı.
Aslında kuruluşundan itibaren Milli Mücadeleyi yok etme amacı gütse de tüm bu faaliyetler sonrasında asıl niyeti açık bir şekilde ortaya çıkmıştı. Ali Kemal adı verilen bir yazar, tüm Milli Mücadele savunucularının ve güçlerinin idamını istediği bir yazı yayınlayarak gündeme düşmüştü. Bu yazı ile birlikte Atatürk ve bazı arkadaşları 11 Mayıs 1920 tarihinde olağanüstü mahkeme kararı ile birlikte idamına karar verdi. Bu idam kararına ek olarak da tüm mal varlığına el konacaktı. Sebep olarak ise, halkı isyana sürüklemek ve hukuka aykırı bir şekilde asker toplama girişiminde bulunmak aynı zamanda zorla eşya ve para toplayarak halka eziyet etmek gibi unsurlar öne sürülmüştü. Bu karar da aslında Olağanüstü Mahkemenin kuruluş amacını da açıkça ortaya koymaktaydı. Ülkenin iç güvenliğini tehdit etme girişiminde bulundukları gerekçesi ile karar verilmişti.
Damat Ferit Paşa Hükümeti tarafınca Atatürk askerlikten men edilmiş biri olarak görülmekteydi. Aslında, Atatürk çok daha öncesinden istifasını bildirmişti. Ancak, asker ve halk arasında askerlikten men edilmiş olarak fitne yayılmaktaydı. Bu karar ile Atatürk’ün yanında idama mahkum edilen kişiler ise Darülfunun Batı Edebiyatı öğretmeni Halide Edip Hanım, Washington Sefiri Midillili Alfred Rüstem Bey, 20. Kolordu Komutanı Salacaklı Ali Fuat Paşa, İstanbullu Kara Vasıf Bey’di. Olağanüstü mahkeme tarafından verilen bu kararı Padişah Vahdettin de 24 Mayıs tarihinde onaylamıştı. Bu karar sonrasında da Olağanüstü Mahkeme Kuvayı Milliye mensuplarını da idama mahkum etmişti. Bu kararı da Vahdettin hiçbir itirazı olmadan onaylamıştır.
11 Mayıs 1920 tarihinde Atatürk ve bir grup arkadaşı idama mahkum edildi. Sonrasında da Kuvayı Milliye mensuplarını idama mahkum ettiler. Üstelik, tüm bu yargılama kararları bizzat Sultan Vahdettin tarafından onaylanıyordu. Bunun öncesinde de İstanbul Hükümeti, bizzat kendi halkına karşı iç savaş başlatmıştı. Bizzat bunun için ordu kurarak mahkeme oluşturan İstanbul Hükümeti ile Atatürk mücadele etmek zorunda kalmıştı. Atatürk, Milli Mücadele döneminde birçok ülke ile bir çok cepheden savaş gerçekleştirmesinin yanı sıra iç işlerinde de birçok savaş ve ihanet ile mücadele ederek hem dış hem de iç Milli Mücadeleyi kazanmıştır.