Vergi daireleri de ödenmesi gereken vergilerin doğruluğunu araştırmak ve tespit etmek amacıyla sık sık ve düzenli olarak vergi incelemesi yapmaktadır. Kanuna göre bu incelemelerin yerinde yapılması esastır ancak uygulamada vergi daireleri çoğunlukla mükelleflerden defter ve belgeleri vergi dairesine getirmelerini istemekte ve gerekli incelemeleri müdürlükte yapmaktadır. Mükellefler de genellikle bu talebi bir devlet kurumundan geldiği için kabul ederek istenen defter ve belgeleri vergi dairesine götürmektedir.
Mükellefler bunu kabul etmeyip defter ve belgelerin yerinde incelenmesini talep ettiklerinde ise mükellefler hakkında tutulması mecburi olan belge ve defterleri ibraz etmedikleri gerekçesiyle Vergi Usul Kanunu’na muhalefet suçundan işlem yapılmaktadır.
Oysaki Vergi Usul Kanunu madde 139’da ve bununla aynı olarak Vergi İncelemelerinde Uyulacak Usul Ve Esaslar Hakkında Yönetmelik’in İncelemenin Yapılacağı Yer başlıklı 13. Maddesinde şöyle denmektedir:
Madde lafzından açıkça anlaşıldığı üzere vergi incelemelerinin incelemeye tabi olan muhatabın iş yerinde yapılması esas dairede yapılması ise istisnadır. Maddenin ikinci fıkrasında da belirtildiği üzere ancak iş yerinin müsait olmaması, ölüm, işin terkedilmesi gibi zaruri sebeplerden dolayı iş yerinde inceleme yapılmasının imkânsız olması durumunda veya mükellef ve vergi sorumluları dairede inceleme yapılmasını talep etmişse inceleme dairede yapılabilir. İncelemenin işyerinde yapılmasını imkânsız kılacak diğer nedenlerin varlığı halinde de inceleme dairede yapılabilir. Zira incelemenin dairede yapılmasını gerektiren nedenler “gibi” edatıyla devam ettirildiğinden sınırlı sayıda değildir.
Mükellefin talebi üzerine ya da kanunda sayılan sebeplerden birinin varlığı nedeniyle inceleme yapılacaksa defter ve belgelerin daireye getirilmesi için mükellefe öncesinde yazılı bir talep gönderilmelidir. Bu konuda mükellefe sözlü olarak yapılan bildirimlerin bir geçerliliği olmayacaktır. Vergi incelemesinin olağan olarak işyerinde yapılması durumunda ise mükellefe önceden bir duyuruda bulunulması zorunluluğu kanunda öngörülmemiştir.
Konuyla ilgili olarak İstanbul Bölge Adliye Mahkemesi 33. Ceza Dairesi E. 2020/354, K. 2020/592, 30.10.2020 tarihli kararında da yerel mahkemece verilen kararı kesin olarak onayarak şikayetçi idarenin istinaf taleplerini esastan reddetmiştir. Onanan yerel mahkeme kararında “Defter ve belgelerin müfettişliğe ibraz edilmemesi üzerine düzenlenen rapor sonrası sanıklar hakkında olumlu mütalaa düzenlenmiş ve bu mütalaaya istinaden de dava açılmıştır. Sanıklar ortak savunmalarında işyerlerinin faal olduğunu ve vergi müfettişinin inceleme yapabilmesine elverişli ofislerinin bulunduğunu, inceleme için kendilerini ofise beklediklerini bu nedenle defter ve belgeleri götürmediklerini bildirmişlerdir. 213 sayılı Kanun’un 139.maddesi amir bir hükümdür ve bu hükme göre ana kural vergi incelemesinin incelemeye tabi olan işyerinde yapılmasıdır. İstisnai durumlar aynı maddenin 2.fıkrasında düzenlenmiş “ölüm, işin terk edilmesi gibi” zaruri sebeplerle incelemesinin yerinde yapılması imkansız olur veya mükellef isterlerse inceleme dairede yapılabilir. Ancak bu açık hükme rağmen son dönemde vergi müfettişleri defterleri daireye istemeyi bir alışkanlık haline getirmişlerdir. Sanıkların işyerinin incelemeye uygun olduğuna dair savunmalarının aksi ispat edilememiştir. Bu durumda mahkememizce defter ve belgelerin daireye istenmesi yasanın amacı dışında bir işlem olduğundan ve mükellefin buna zorlanması mümkün görülmediğinden sanıkların atılı suçtan beraatlerine karar verilmesi gerekmiştir. ” denmek suretiyle incelemenin işyerinde yapılmasının ilgili kanun hükmü gereğince esas olduğu ve dairede incelemenin istisna olduğu, aksini gerektiren bir durumun varlığını ispat yükünün idarede olduğu, bunun ispatlanamaması halinde mükellefin vergi kanununa muhalefet suçu işlemiş sayılmayacağı hükme bağlanmıştır.
Yine Danıştay 4. Dairesi T. 10.11.1999 ve E. 1999/350, K. 1999/3959 sayılı kararında “Dosyadaki belgelerin incelenmesinden davalı İdarece yükümlünün 1996 yılı hesaplarının incelenmesi amacıyla ilgili yıl defter ve belgelerinin 19.8.1996 günlü ve10615 sayılı yazı ile istenmiş olmasına karşın yükümlüce bu istem yerine getirilmediğinden takdir komisyonu kararına dayanılarak Vergi Usul Kanunu’nun 30/3 üncü maddesinden hareketle resen matrah takdiri ve buna göre de tarhiyat yapılması yoluna gidildiği anlaşılmaktadır. 213 sayılı Vergi Usul Kanununun 30/3 üncü maddesine göre tutulması mecburi olan defterlerin vergi incelemesi yapmaya yetkili olanlara herhangi bir sebeple ibraz edilmemesi hali resen takdir nedeni olarak belirtilmiş ise de, aynı Kanunun 139. maddesinde, vergi incelemesinin esas itibarıyla incelemeye tabi olan işyerinde yapılacağı, işyerinin müsait olmaması, ölüm işin terk edilmesi gibi zaruri sebeplerle incelemenin dairede yapılabileceği, bu takdirde incelemeye tabi olanların lüzumlu defter ve belgelerini daireye getirmesinin kendisinden yazılı olarak isteneceği hükme bağlanmış olduğundan bu hüküm gereğine uyulmadan doğrudan yazı yazılarak incelenmek üzere defter ve belgelerin istenmesi ve bu istemin yerine getirilmediğinden bahisle resen vergi tarhiyatına gidilmesi yerinde değildir.” şeklinde hüküm kurmuştur. Danıştay’ın bu kararı dışında pek çok emsal kararında da aynı gerekçe ve kural vurgulanmaktadır.