Gıda kaynaklı patojenler, dünya çapında çok sayıda hastalığa ve ölüme neden oldukları için gıda güvenliğinde en dikkate değer biyolojik tehlikedir. Konvansiyonel yöntemler, seçici besiyeri üzerinde zenginleştirme ve izolasyon yoluyla gıda patojenlerini tespit eder. Kolonilerin spesifik morfolojisi tanınabilir, ancak olası pozitif kültürlerin doğrulanması ve tanımlanması müteakip serolojik ve biyokimyasal testleri gerektirir. Örneğin, belirli bir Salmonella serovarını tanımlamak için en az üç antikor-antijen reaksiyonu gerçekleştirilir. Bu zahmetli yöntemlerin tamamlanması birkaç gün sürer (örneğin Campylobacter için 4-8 gün). Ayrıca, çeşitli patojenlerin, türlerin ve olası eşzamanlı varlığı serotipler, gıda ürünü başına gereken tahlil sayısını artırır.
Ancak moleküler teknikler gıda mikrobiyolojisinde devrim yaratmaktadır. Son birkaç on yılda, araştırma topluluğu, bir bakteri popülasyonundaki farklı soylar ve alt soylar için spesifik proteinleri ve genleri tanımlayarak gıda kaynaklı patojenlerin moleküler parmak izi hakkında bilgi edinmektedir. Özel olarak, DNA genellikle kendisini taşıyan hücrenin fizyolojik durumundan ve gıda depolama ve işleme sırasında karşılaşılan koşullardan bağımsız olarak saptanabilecek kadar stabildir. Sonuç olarak, gıda mikrobiyolojisinde DNA temelli yöntemler, özellikle PCR yöntemleri büyük ölçüde büyümüştür. Teşhisler çok faydalıdır çünkü canlı bir hücre veya bir protein antijeni yerine bir DNA hedefinin varlığını tespit edebilirler. Bu nedenle, dezenfeksiyon yöntemlerini hedeflenen mikroorganizmalara göre uyarlamak ve tüketicilerin kontamine gıdaları doğrudan veya çapraz kontaminasyon yoluyla tüketme riskini en aza indirmek için kontroller giderek daha fazla uygulanmaktadır. Bu bağlamda, izotermal amplifikasyon yöntemleri, mikrobiyolojik kültürlere rekabetçi bir alternatiftir ve en iyi performansları nedeniyle PCR tabanlı yaklaşımların yerini almaktadır.
Sonuçlar daha basit, daha hızlı ve daha esnek bir şekilde elde edilir. Yayınlanmış çalışmalar açısından, daha fazla ilerlemeye son iki senaryoda yapılmıştır. LAMP kullanımını tanımlayan makalelerin sayısı, diğer tüm amplifikasyon yöntemlerine kıyasla çok fazladır.
LAMP teknolojisini kullanan ilk çalışmalar Salmonella tespitine odaklanmıştır. Şu anda, her yıl 200’den fazla makale yayınlanmaktadır. Gıda mikrobiyolojisi uygulamaları için LAMP’ın başarısını açıklamak için birkaç makul neden vardır. İlk olarak, LAMP mükemmel performans sunar; örneğin, bir karşılaştırma çalışması LAMP’nin PCR testlerine kıyasla 10 ila 100 kat daha duyarlı olduğunu göstermiştir.
İkincisi, LAMP primerleri, birkaç gen hedefi için özel olarak tasarlanabilir. Bu nedenle patojen belirteçleriyle yapılan ilerlemeler hızla amplifikasyon teknolojilerine dahil edilir. Diğer bir faktör, tekniğin biyosensörlere ve mikro cihazlara entegre edilecek esnekliğidir. Bilim insanları, nükleik asit saflaştırması, amplifikasyonu ve çevrimiçi saptama için entegre bir cam mikro cihaz önermektedir. Birden fazla patojen kantitatif tespit bir polimer mikro-akışkan çip kullanılarak ayarlanmıştır. Bir başka grup ise, 10 patojenik bakterinin hızlı ve eşzamanlı tespiti için bir mikroakışkan disk çipine (çip üstü LAMP) entegre edilmiş gerçek zamanlı bir florojenik LAMP tahlili geliştirdi. Hızlı ve kantitatif analizler için entegre numune hazırlama ile LAMP tabanlı bir çip üzerinde laboratuvar sistemi geliştirdi.
Çoğu çalışma, insanlarda gıda yoluyla kolayca bulaşan patojenik bakterileri tespit edebilmektedir. Gıda kaynaklı başlıca bakteriler Campylobacter, Salmonella, Escherichia coli (özellikle serotip O157:H7), Enterobacter sakazakii (veya Cronobacter), Vibrio parahaemolyticus, Listeria monocytogenes ve Staphylococcus aureus bunlardan bazılarıdır. Diğer amplifikasyon teknikleri ile ilgili olarak, canlı gıda kaynaklı patojenlerin tespiti, klinik örneklerle karşılaştırıldığında zar zor rapor edilmiştir. Mikrodizi ve DVD saptama teknolojisiyle ve enzime bağlı bir immünosorbent deneyi olarak birlikte kullanım için uygun bir multipleks DNA bazlı hedef amplifikasyon yöntemi geliştirilmiştir. Salmonella ve Cronobacter tespiti için önerilen RPA yöntemleri uygulanmıştır. Ek olarak, DVD yüzeyinde doğrudan amplifikasyonlar için, benzer tespit limitleriyle, ancak analiz süresini, numune manipülasyonunu ve reaktifi kesen tek kap formatı geliştirilmiştir.